Manapság az embereknek, akik árut szállítanak (vagy mozgatnak embereket), valószínűleg rájönnek, hogy nem mindig van értelme, ha csak egy szállítási módra ragaszkodnak. Például a rakományt a hajóról egy teherautóra lehet szállítani, amely átadja azt egy racingard-nak, ahonnan a vonatot az ország egész területén áthelyezik. Az intermodális szállítás hatékonyabb és olcsóbb lehet; egyes esetekben azonban a sebesség és a megbízhatóság szempontjából jelentős hátrányai vannak.
Sebesség
Bár az intermodális szállítás az egyéb módszerekhez viszonyítva viszonylag alacsony költségeket kínál, a sebességet feláldozza; minden alkalommal, amikor a rakományt viszonylag lassabb utazási eszközre szállítják, például olyan vonatokon, amelyek rögzített síneken működnek, amelyek nem nyújtanak közvetlen útvonalat, ahogy az utak egy teherautó használ, lassul. A csúcsteljesítmény érdekében történő üzemeltetéshez az intermodális szállításnak csökkentenie kell a raktárakban eltöltött időt ahhoz, hogy egy új fuvarozó megérkezzen, vagy a rakományt kirakodjon.
A megbízhatóság hiánya
Mivel az intermodális szállítás több mint egy tranzitmódra támaszkodik, az általános megbízhatóság is alacsonyabb; mivel a különböző közlekedési módok lánca növekszik, a láncok lebontásában bekövetkező bármilyen kapcsolat lehetősége is növekszik. Ez különösen problematikus, ha az egyik közlekedési mód vasút; a vasúti közlekedés érzékenyebb a rossz időjárás vagy a berendezések meghibásodása által okozott késésekre. Ebből kifolyólag, valamint a gyorsasággal kapcsolatos aggodalmak, a megbízható, nagy sebességű szállítást igénylő szállítmányozók kevésbé valószínű, hogy figyelembe veszik az intermodális rendszereket.
Kár
Amikor a rakományt meg kell keverni, a szállítmányozók veszélyeztetik a károkozás lehetőségét, mivel az árut egy szállítási módból egy másikba szállítják. Szerencsére ez a veszély mérsékelhető, de ez általában túlkötést jelent, ha több erősítő és védőanyagot ad hozzá, mint amennyit általában megfelelőnek tartanánk. Ez a hozzáadott súly és költség részben ellensúlyozza az intermodális szállítás energiahatékonysággal és költségekkel kapcsolatos előnyeit.
Nagy infrastrukturális költségek
Az intermodális áruszállítás is viszonylag magas infrastrukturális költségekkel jár. A konténerezés csökkentette az áruk szállításának költségeit és nehézségét formanyomtatványuk egységesítésével; a fuvarozók könnyen szállíthatják ugyanazt a tartályt a hajóról egy vonatra egy teherautóra. Az ilyen konténerek kezelése azonban megköveteli, hogy a fuvarozók rendelkezzenek a nagy teherbírású darukkal és a nagy konténerek kezeléséhez szükséges berendezésekkel; ez az infrastruktúra nem mindenhol létezik, különösen a fejlődő országokban.
